Marcelo Acuña realizó sus estudios de grado en Ciencia Política en York University, Toronto, Canadá, donde le fue otorgado el título de Bachelor of Arts. Posteriormente obtuvo un master en Ciencia Política y cursó su doctorado en la misma universidad con una beca del Social Sciences and Humanities Research Council of Canada.
Ha sido subsecretario de Coordinación Interministerial de la Jefatura de Gabinete, jefe de asesores en el Ministerio de Defensa, asesor en el Congreso de la Nación, consultor del Programa de Naciones Unidas para el Desarrollo, y ha ocupado otros numerosos cargos públicos.
También fue profesor de Relaciones Internacionales durante más de diez años en las universidades de El Salvador, La Plata, York University y San Diego University. Es autor de varios libros y artículos en revistas especializadas.